Trường THCS Nguyên Khê được thành lập tháng 9 năm 1963, trải qua nhiều khó khăn gian khổ, những năm qua, tập thể cán bộ, giáo viên nhà trường đã nỗ lực phấn đấu, đạt được nhiều thành tích đáng tự hào trong sự nghiệp trồng người. Phong trào dạy tốt – học tốt luôn được giáo viên và học sinh tích cực hưởng ứng tham gia. Qua từng năm học, chất lượng giáo dục toàn diện của nhà trường không ngừng được nâng cao.
Đặc biệt trong 5 năm trở lại đây, tỉ lệ học sinh xếp loại hạnh kiểm tốt, khá của nhà trường đều đạt từ 99% trở lên. Tỉ lệ học sinh xếp loại học lực giỏi và khá đều đạt trên 75%, tỉ lệ học sinh tốt nghiệp THCS đạt 100%; trong đó trên 80% học sinh trúng tuyển vào các trường THPT công lập. Tại kì thi học sinh giỏi các môn văn hóa lớp 9 cấp huyện và thành phố, học sinh nhà trường đã đạt hơn 60 giải trong đó có 7 giải cấp Thành phố. Đặc biệt năm học 2019-2020, đội tuyển học sinh giỏi nhà trường xếp thứ 3/26 trường THCS trên địa bàn huyện.
Ban Giám hiệu nhà trường vinh dự đón nhận Huân Chương Lao động hạng 3
Hiện nay, 100% đội ngũ cán bộ, giáo viên đạt chuẩn nghề nghiệp, trong đó 86,8% giáo viên đạt trên chuẩn. 100% cán bộ, giáo viên ứng dụng thành thạo công nghệ thông tin trong quản lí và giảng dạy. Trường THCS Nguyên Khê là một trong những đơn vị luôn đi đầu trong phong trào hội giảng, thi giáo viên dạy giỏi các cấp. Trong 5 năm trở lại đây, giáo viên của nhà trường đã đạt 30 giải, trong đó có nhiều giải cấp thành phố. Phong trào viết và áp dụng sáng kiến kinh nghiệm (SKKN) được triển khai sâu rộng, 100% giáo viên tích cực hưởng ứng và đạt hiệu quả cao; nhiều SKKN đã thể hiện rõ tính sáng tạo, khoa học được phổ biến, áp dụng rộng rãi. Trong 5 năm qua có 98 sáng kiến được hội đồng khoa học cấp huyện và thành phố xếp loại.
Trong suốt quãng thời gian 57 năm xây dựng và phát triển, tập thể giáo viên nhà trường luôn cố gắng không ngừng nghỉ, đã tạo dựng được niềm tin, để lại những dấu ấn nhất định trong lòng các thế hệ học sinh và cha mẹ học sinh. Trong giai đoạn này, thầy và trò nhà trường tiếp tục xác định bên cạnh việc giáo dục, rèn luyện đạo đức cho học sinh thì chất lượng giáo dục văn hóa cần phải được đẩy mạnh, phải được nâng lên một bước để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ năm học và để làm dày thêm truyền thống của nhà trường.
Bằng sự nỗ lực không ngừng của tập thể các thế hệ cán bộ, giáo viên, nhân viên và học sinh, trường THCS Nguyên Khê đã gặt hái được những thành tích đáng tự hào, là một trong những trường tốp đầu trong khối THCS của huyện Đông Anh. Nhà trường đã vinh dự được nhận Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ năm 2014, Bằng khen của UBND Thành phố Hà Nội năm 2013, 2018, Cờ thi đua xuất sắc của UBND Thành phố Hà Nội năm 2019 và nhiều Bàng khen, giấy khen khác do các cấp trao tặng. Đặc biệt, ngày 13/11/2020 trường THCS Nguyên Khê vinh dự được Chủ tịch nước trao tặng Huân chương Lao động hạng Ba. Đây là sự ghi nhận của các cấp cho những nỗ lực phấn đấu trong sự nghiệp trồng người của nhà trường.